Los lenguajes de descripción de hardware más empleados en el diseño de FPGAS son VHDL y Verilog. Ambos son lenguajes que permiten diseñar la FPGA desde un punto de vista abstracto, funcional, aunque también se puede definir la estructura del hardware a bajo nivel. Existen además componentes predefinidos, los IPs, descritos en estos lenguajes para simplificar el diseño de la FPGA.Los principales fabricantes de FPGAs proveen de herramientas para hacer más sencillo el proceso de diseño de una FPGA. Así, Xilinx Inc. Ofrece la macroherramienta Xilinx Vivado o ISE Design Suite, que consiste en un conjunto de herramientas integradas destinadas al diseño y desarrollo FPGA, entre otros. Entre estas herramientas cabe destacar:
Por su parte, el principal software de Altera (Intel-FPGA) para el diseño de FPGAs es Quartus, una macroherramienta de la que se pueden destacar las siguientes herramientas:
Y con respecto a Actel (Microsemi), tenemos el conjunto de herramientas Libero:
La elección del lenguaje de diseño de hardware a emplear, así como de las herramientas a emplear, debe realizarla el diseñador en cada momento en función de los requisitos que tenga el sistema a implementar.